Buda 1686-ban történt visszafoglalását követően, Székesfehérvárt is hamarosan ostromzár alá fogták a császári csapatok, valójában azonban kiéheztették a falakon belül élőket. A hosszas blokád éhínséget eredményezett és a kilátástalan helyzetben lévő törökök tárgyalásokat kezdtek a vár kapitulációjáról, május 19-én pedig a török helyőrség végleg elhagyta Isztolni Belgrádot. Mintegy ezer katona és kétezer lakos vonult el Adony felé, ahonnan hajóval mentek tovább. Érdekes és egyben szomorú momentuma a felszabadításnak, hogy a török-magyar házasság révén született 18 évnél fiatalabb gyermekek nem hagyhatták el a várost, őket a jezsuiták nevelték tovább. A kiéheztetett törökök 1686-ban egyébként szabadon vonultak ki a városból: a források szerint az ostrom végére mindössze "penészes köles" volt az egyetlen élelmiszer a város falain belül. Székesfehérvár elhanyagolt, romos állapotban volt, tele szeméttel.

A visszafoglalt város betelepítése közvetlenül a török kiűzése után megkezdődött és a Rákóczi szabadságharc kitöréséig főleg Ausztriából, Csehországból, Morvaországból, valamint Sziléziából és egyéb német területekről, továbbá Nyugat-Magyarország vármegyéiből érkező német polgárokkal telepítették be Fehérvárt. Ők honosították meg a város kézműves iparát, és teremtették meg a céhes ipart.

 

A törökök kivonulását követően a város, mint újszerzeményi terület a katonai parancsnok, majd a budai kamara igazgatása alá került. A kamarai adminisztráció mellett a városparancsnok szerepe emelhető ki az első hónapokban, de tulajdonképpen hosszabb ideig fennmaradt a katonai és a kamarai igazgatás kettősége, amely számos konfliktust eredményezett.